大的区别就是，投资人是中国公民还是外国人！可以理解为由投资方，即股东的性质来决定公司的性质，如果是由一家注册在境外的法人（或自然人，但很少）在中国境内投资或合资设立一家公司，那么这家新设公司的性质就属于外商投资企业。而内资企业，则是境内法人、自然人设立的企业的统称，下面公司代办小编为您详细介绍下：

1、税收：目前随着税法的调整，在税收优惠的层面，除了外资企业无需缴纳5%的营业税附加费，其他基本上差不多。

2、投资：在进行境内投资时，外资企业同样需要当地商委、特殊行业还需要相应部委（商务部工商总局）的审批，拿到批准以后才能继续进行投资，在进行境外投资的时候二者的待遇则基本一致，从办理流程上说没有区别。

3、设立与变更：以两种设立的东西来说，外商投资企业更繁琐，需商务部门的批准，如果是特殊行业还需要相关部委的核准，拿到部委的批文后才能去申请外商投资企业的批准设立的证书再去办理营业执照，时间通常很漫长。内资企业设立相对简单。变更事项的时候，外资企业通常都需要审批机关的再次审批，内资企业则不需要。

4、外汇：一般来说内资企业办理外汇账户必须通过外管局审批而且要达到一并标准才能开设，但外资企业在设立外币账户方面就有较大的优势。不需要前置审批就可以开设好几种类型的外汇账户。特别是在境外借债的时候，外商投资企业还有优势，不需要前置审批。而内资企业则需要审批。

5、许可证：与准入政策相关，很多行业即使没有明确的限制外商经营，但外资企业在审批的时候都比内资企业要麻烦。变更也更加麻烦一些。

6、劳动：目前，外资企业与员工签署劳动合同后需要到所在劳动部门进行见证。内资公司不需要。